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[重磅] HPC應用對GPU計算支援現狀解析

       HPC應用支援GPU計算的增長幾乎完全是由英偉達(NVIDIA)推動的,該公司在構建一個健壯的軟體生態系統以支援其在硬體方面的投入。具體來說,透過開發了一套並行程式設計API相關的軟體開發工具CUDA(Compute Unified Device Architecture)支援GPU平臺的應用程式開發,包括OpenCL開放的標準框架、各種處理器架構加速和OpenACC(高階語言的標準編譯器指令)NVIDIA還在全球建立了超過20個GPU中心,數百個學術機構的GPU研究和教育中心的全球網路,提高通用GPU程式設計軟體工具開發的速度,透過與ISV合作加速完善商業HPC應用程式和開發庫。

      隨著工智(AI)能的出現,許多組織都在投入深度學習技術,將人工智慧的發展和技術帶到他們的產品、服務或運營中,然而這些演演算法通常依賴於GPU,AI已經成為NVIDIA的主要增長引擎

      在HPC應用支援GPU計算調查中,著名諮詢機構Intersect360要求使用者列出他們的頂級HPC應用程式(5個站點內)。然後用這些資料來統計最多常用的HPC應用程式。在2017年第三季度收集的資料中,1792個統計程式中共有534個不同的應用程式


      HPC本質上是一個多元化的市場,應用程式跨越多個領域。本報告將重點關註在HPC使用者站點普查中所報告的前50個應用程式,按次數排序。為了將應用串列限制在50(其中有2個統計併列49位),從每個主要應用場景中選擇了2個應用程式。高效能運算(HPC)跨越了技術和業務領域等一系列應用領域。在大多數領域中都存在GPU加速應用程式,包括化學研究,流體動力學分析,結構分析,環境建模,地球物理學,視覺化/影象處理和物理



      在HPC應用支援GPU計算報告中,諮詢機構Intersect360列出了50個最常用的高效能運算(HPC)應用程式,識別出目前採用GPU加速的應用程式。根據對最新HPC使用者站點普查資料和研究發現,HPC使用者用到的50個最流行的應用程式中有34個提供GPU支援,另外2個應用目前正在開發中。前15個應用程式目前都透過某種形式實現對GPU支援。在HPC市場上,GPU計算已經達到了一個臨界點,這將預示著HPC應用程式採用GPU最佳化將成為主流。


化學領域

      化學是最常見的HPC應用領域之一,有組織使用HPC系統瞭解化合物和過程,根據這種理解設計新的物質為今後的研究和產品開發提供資訊。包括計算化學,分子建模,和質譜資料分析

      前50名HPC應用中有20個應用於化學。這種HPC軟體受歡迎的原因是生物分子研究和開發新化合物的興趣所驅動的。如表2所示,GPU對頂級化學編碼的支援非常深入的,這在很大程度上要歸功於該應用領域中,大量的開原始碼和活躍的開發者的貢獻。因此,20個化學應用中有16個目前可以使用GPU加速,包括排在前15名的HPC應用。

流體動力學分析

      計算流體動力學(CFD)的解決方案目前異常廣泛的被應用,如:飛機設計,內燃機設計,建築物氣流分析,心臟泵的設計,細胞內蛋白質運輸的建模,等等。與結構分析領域類似,這些應用主要來自商業程式碼捐獻,但最初的程式碼來自NASA開發和開源的努力。在HPC中,作為前十大應用程式的OpenFOAM的出現,預示著整個行業向開原始碼的方向發展。

      如表3所示,這兩種最流行的CFD應用,ANSYS Fluent和OpenFOAM使用GPU的支援。

結構分析

      結構分析包括用於分析各種結構的應用程式,包括顯式和隱式有限元分析(FEA),是用於工程分析的重要計算工具。它主要是用來對結構的負載和壓力進行分析,包括用於汽車的虛擬崩潰測試。

      表4描述了前50個HPC應用程式中的8個結構化分析應用。8個中有7個已經支援GPU計算。

生物科學

      生物科學應用是用來揭示生命的本質、並幫助設計醫學治療方案的學科。他們也用於瞭解和提高農業生產。這部分包括基因組學等應用,蛋白質組學,藥物發現等等。由於基因組學的快速發展,帶動分析基因和細胞的生物資訊學軟體快速發展, 使得基因組學驅動整個生命科學發展。

      如表6所示,在生命科學領域,GPU計算應用已經落後於其他領域,然而,BLAST應用有個GPU版本,被稱為GPU-BLAST,現在已在研究領域使用,還有一個GPU加速版本的Bowtie,作為NVIDIA實驗室專案在運作。

      表7列出了剩餘的前50個HPC應用程式及其域。2個商業智慧領域,2個天氣預報和環境建模領域,1個物理和1個樣式識別領域。

天氣、環境建模

      環境建模包括用於模擬天氣、氣候、空氣質量和海洋的應用程式系統。天氣預報的潛在用途包括從輓救生命和財產到先進的嚴重天氣警報,預測野火,透過預測能源需求來管理電網,根據天氣預報來估計當地超市對產品的需求。

商業智慧

      SAP和Oracle出現在前50名HPC應用程式的串列中。在業務計算、HPC、甚至科學應用程式之間透過有一些交叉,隨著分析領域的迅速發展透過資料庫解決一些問題。SAP和Oracle都有GPU加速版本。SAP和Oracle正在佈局未來,為企業客戶開發AI最佳化的模組,計劃把深度學習應用到GPU計算。

物理應用

      物理包括用於建模行為中涉及的基本原理的應用程式,物質和能量。該領域的範圍涵蓋從宇宙演化的宇宙模型,到量子力學的亞原子水平的物質。物理學家是HPC的首批使用者之一。

樣式識別

      樣式識別是深度學習的基礎。樣式識別應用程式可以從大量的訓練中學習資料,以便能夠從類似的資料中做出推斷。TensorFlow是最常用的應用程式,深度學習與GPU計算有很強的親和力,而TensorFlow則可以透過GPU實現加速和最佳化。

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